Tuesday, September 02, 2008

经典转染方法
(blogcn: 2006-08-11 11:27)


Transfection

——转自::URL::http://biolue.iblog.com 作者:Alan @ 12/21/2005,星期三 15:03

数百万年来原核生物如大肠杆菌就经常相互分享它们的遗传物质的——受到自然的启发,出现了将DNA导入哺乳动物培养细胞的技术——这是分子生物学的又一个重 要的里程碑。也多谢这种技术的不断进步,我们终于可以在各种哺乳动物细胞中进行各种克隆化基因的表达,从而达到不同的目的--比如,生产制备大量经过真核 特有的翻译后加工的活性蛋白;研究表达蛋白的结构和生化特性;研究基因表达的调控机理;甚至调控基因的表达等等。可以说在哺乳动物细胞中表达外源基因的2 个关键:一个是选择构建合适的表达载体和表达细胞株,另一个就是选择合适的方法将克隆的基因导入培养细胞中进行表达。

转染技术的广泛使用 促进了人们对外源基因在哺乳动物细胞中的表达等方面的认识,并在方法学上促进了该领域及相关领域的发展。从磷酸钙到脂质体,到多胺,可用于转染的细胞种类 已越来越多,转染试剂也不断更新换代,而转染也不再仅限于将DNA转入细胞中了,RNA,siRNA,蛋白质等等生物大分子也进入了转染的行列。

DEAE-葡聚糖(Diethylaminoethyl (DEAE)-dextran):这 个早在1965年出现的转染方法差不多是最古董级的方法之一了,直到现在竟然还有少数人坚持采用。带正电的DEAE-葡聚糖或polybrene多聚体可 以结合带负电的DNA分子,使得DNA复合物结合在带负电的细胞表面。通过使用DMSO或甘油获得的渗透休克,也可能是细胞内吞作用,使得DNA复合体进 入细胞。DEAE-葡聚糖仅限于瞬时转染,可重复性好,转染时要除掉血清。

磷酸钙共沉淀转染:最 早是在1973年开始采用的。氯化钙+DNA+磷酸缓冲液按一定的比例混合,形成的极微小的磷酸钙-DNA复合物沉淀粘附到细胞膜表面,借助内吞作用进入 细胞质。沉淀颗粒的大小和质量对于转染的成功至关重要,pH值,钙离子浓度,DNA浓度,沉淀反应时间,细胞孵育时间乃至各组分加入顺序和混合的方式都可 能对结果产生影响,重复性不佳。现在还会操作这种古董级方法的人怕已经不多啦。比起DEAE法这个更容易得到稳定转染,但是转原代细胞比较困难的。
电穿孔法:通 过短暂的高场强电脉冲处理细胞,沿细胞膜的电压差异会导致细胞膜暂时穿孔。DNA被认为是穿过孔扩散到细胞内。电脉冲和场强的优化对于成功的转染非常重 要,因为过高的场强和过长的电脉冲时间会不可逆地伤害细胞膜而裂解细胞。理论上说电穿孔法可用于各种细胞,而且不需要另外采购特殊试剂。可是需要昂贵的设 备——这个一次性投资可不便宜,而且每次转染需要更多的细胞和DNA——因为细胞死亡率高。每种细胞电转的条件都需要进行多次优化。
脂质体:中 性脂质(lipid)是利用脂质膜包裹DNA,借助脂质膜将DNA导入细胞膜内。带正电阳离子脂质体(Cationic liposomes)则不 同,DNA并没有预先包埋在脂质体中,而是带负电的DNA自动结合到带正电的脂质体上,形成DNA-阳离子脂质体复合物,据认为一个约5kb的质粒会结合 2-4个阳离子脂质体,从而吸附到带负电的细胞膜表面,经过内吞被导入培养的细胞。脂质体转染方法始于1987年,这个方法的出现使得转染效率、转染的稳 定性和可重复性大大提高,并广为使用。阳离子脂质体细胞毒性相对较高,对不同的细胞可能会干扰细胞的代谢。血清的存在有可能会影响转染效率,需要进行优 化。通常转染试剂有不同脂质(lipid)和脂质体(liposome)混合配方。

非脂质体的脂质(Non-liposomal lipids):
这个读着颇为拗口的新一代技术,代表着脂质体技术的未来发展方向——革新配方成分形成胶束(micellar)结构而非简单的双层膜结构,令核酸传递更有效率而且细胞毒性也显著降低。

活化的树状聚合物(Activated dendrimers):这 个确乎是Qiagen的独门配方的Activated dendrimers本来真正属于纳米技术,高度树状分枝形成球形结构有着均一的大小和形状,借助 每个球体无数活化的氨基末端凝聚在DNA上形成较为致密的结构,并吸附在细胞膜上,经过内吞进入细胞。活化的氨基可以调节胞内融酶体的pH值,抑制降解活 性,使得DNA稳定存在。转染的效率高,毒性低,可重复性好。血清的存在能显著提高转染效率。

多胺和新一代转染介质:
多 胺其实也是氨基多聚物,原理无非基于吸附带负电的核酸形成非共价结合的复合物,结合并穿越同样带负电的细胞膜。优点是可以携带较大的分子,而且细胞毒性也 较低,不会干扰细胞代谢途径。新一代转染介质并不局限于单一成分,各种不同专利配方的脂质、加上蛋白质组分、以及各种各样的专利成分,务求令转染效率更 高,操作更方便,细胞毒性更低。还有的产品将脂质偶联到细胞膜特定受体蛋白的配基上,让受体蛋白更有效率地转运DNA或者生物大分子复合物进入细 胞......

显微注射和基因枪(Biolistic particle delivery):
在不断进步,显微注射和基因枪是更特殊的导入DNA的方式:将DNA沉淀包被在极为微小的金颗粒(闪闪发光的金珠,gold beads)上,借助高压基因 枪将大分子直接“射”入细胞,一旦细胞接受,就会发生瞬时表达——这种方法多用于活体内导入DNA,比如皮肤的DNA免疫。也有用于上皮细胞原代细胞的报 告。最新技术是利用硅纳米颗粒作为基因转染载体。
显微注射顾名思义就是使用一根超细针头将DNA,RNA或蛋白直接注入细胞质或细胞核;整合的机会高一些,但适用这种方法的细胞好像不多,体外受精较为常见。这两种方法需要的昂贵设备和相对复杂的技术,令普通实验室敬而远之。

病毒介导的感染:
受荷马史诗中的特洛依木马的启发,借助病毒高效感染细胞的机制,将病毒衣壳内的核酸换成克隆的目的基因,就可以将目的基因高效运送到特定的细胞中——整一出 “木马计”。感染,是区别于常规转染的另一种将外源基因导入哺乳动物细胞的方法。前面提到的转染是利用某种生化试剂或者物理介质“携带”DNA穿过细胞膜 进入细胞,这种相对简单的方法适用于绝大多数培养细胞。感染需要将目的基因克隆到特定的病毒体系中,经过包装细胞的包装得到“经过改造的”病毒,再进行感 染--优点是感染效率特别高,特别是有些难以转染的原代细胞、活体细胞。适用的细胞类型与病毒感染特性有关,常用的病毒体系包括逆转录病毒,可以高效将目 的基因整合到染色体上而得到稳定表达,但只适合处于分裂期的细胞,能装载的核酸大小有限;腺病毒可以感染分裂期和非分裂期的细胞,但是不能整合稳定表达, 只是游离地瞬时表达;痘病毒能装载大片断DNA又能感染大多数哺乳动物细胞,可是仅限于瞬时表达;杆状病毒受限于只能感染昆虫细胞。总的来说,病毒体系时 间长代价高也比较复杂,操作不当还可能有潜在的危险。

补充一点:
转染类型: 根据不同的实验目的,外源DNA导入哺乳动物细胞又可分为瞬时转染和稳定转染。瞬时转染一般是指外源基因进入受体细胞后,存在于游离的载体上, 不整合到染色体,在外源DNA导入细胞1—4天后收获转染细胞对转染基因的转录和复制进行分析。而稳定转染则需要使外源基因整合于细胞染色体从而得到稳定 的转染细胞株。除DEAE葡聚糖只能用于瞬时转染,其他方法均可用于瞬时转染和稳定转染。

实验不易,安全为上
(blogcn: 2006-08-09 22:35)


今天自己近距离接触了一下液氮。下午跟一个师兄一起倒了两大罐液氮(30L的那种,就是把30L的液氮从一个钢罐里倒到另一个更大的储存罐里)。虽然知道没什么可怕的,即使有少量的 碰到身体上,也会很快气化,没什么危险的,但看着那呼呼呼冒白雾的样子,心里还是挺紧张的,担心万一出点儿什么差错。

其实在实验室的每一 天几乎都会接触到有毒有害的东西。就拿DNA电泳来说吧,溴化乙锭(EB)是琼脂糖凝胶电泳中再普通不过的核酸染料,虽然操作简便,多余的EB不干扰紫外 线灯下的检测,不会使核酸断裂(其他染料不易做到这一点),灵敏度高,且对 DNA 或 RNA 均可显色,但其作为一种剧毒强致癌有机试剂,与细胞内组 成遗传物质染色体的碱基结构类似,可以永久性替代碱基,使人体终身携带EB,代谢不出。昨天一个师兄配EB的母液,就是把固体粉沫状的EB做成EB溶液, 我自己光在旁边打个下手都挺紧张的,后来看那个师兄的BLOG,才发现他其实也紧张得不行。每次电泳的加EB的时候,自己都要带上两层手套。做实验的时候 感觉呼吸都有些问题,心理作用吧
做完了还至少要把外面的那层手套扔掉,还不能和一般的垃圾扔在一起。。。每次实验也就最多加5μL的EB,但也足够吓人了。蛋白质电泳那儿我还没怎么接触,丙烯酰胺也不是闹着玩的东西,神经毒素。。。

前一阵所里面一个工作人员去世了,听说是癌症。本来没什么好奇怪的,但这个人才27岁啊!虽然癌症的致病是多方面的综合因素造成的,比如环境、心理问题、遗 传因素等。但是在生物物理所里工作的员工的英年早逝,不由得让人将其去世与工作本身联系起来。做生物这一行的也不容易。

前一阵子听教商务英语的老师说她们那儿的两个老师因为长年染发而得癌症了,而且在MM的再三劝阻下,决定不染头发了。但一个哥们儿说了句话让我从心底里改变了决定,他说既 然决定做生物这一行了还怕有什么致癌的东西啊,咱们每天都会接触到像EB一样的东西。这话无论是当时还是现在想起来都挺心寒的。

我们每天 都拼命地在保护自己培养的细菌、细胞、线虫。。。让它们生长和保存在合适得环境中,给它们充足的食物,在操作的时候也格外小心,生怕让它们染上杂菌。但对 于自己呢,经常就因为实验而忙到夜里,不按时吃饭,而且每天都有一段时间暴露在污染区中。我自己都不确定是否在没有注意的时候就已经把EB之类的污染物沾 染在身上,即使我已经分外小心了。

实验不易,安全为上。

向先前的生物工作者致敬,为自己祝福。

我可怜的GPA
(blogcn: 2006-08-07 17:55)


最近因为自己的GPA而伤心不已,虽然我知道不应该为这种已经成为现实的东西再多花多少心思。

我的专业课在我看来虽然不怎么样,但好歹好有80多分,GPA也到了3.0。可是Overall的呢?估计也就2.6、2.7吧,于是想算一下总分,兴许能上80分。可是哪儿有那种我好事情等着我呢?
79.XX! 一点儿办法也没有。在网上看到有一些学校的Cut Off就是GPA 3.0,而总分上80似乎也可以,可是我呢。。。这一点已经成为我出国道路上的最大 障碍,所有的悔恨只能留自己,而确实不应该抱怨系里面安排对于我来说如此之多的BT的工科课程,任何一门诸如软件基础、微机原理这样的大学分的工科课程的 优秀成绩都足以让我的总分上到80,但最高的好像也就电工电子学,也才70分。。。

现实往往是不如人意的。

如果有能力改变现实,可以去努力;没有能力改变现实,可以让自己去适应。

也正是现实,教会了我该如何一步步走下去。

阿杜老师的回信也收到了!
(blogcn: 2006-08-04 22:19)


昨天晚上临走的时候,收到阿杜老师的回信了。因为实在来不及要回去了,而且昨天的BLOG也写完了,就今天才补上来。

阿杜老师说,我的G和T的成绩都有效,TWE还算是个亮点,并且他让我在top10~top100之间选校,拉开档次就行。。。这个我连想都没想过~~~ top10
top100我想都没想过~~~ 我最初的目标就是个美国的中等州立大学,能给我钱,让我过去读书就行了,因为我的GPA实在太低了,尤其是overall的。等这段时间忙过去了,再静下心好好看看这方面的信息,到那个时候最好能做一个成熟的决定。

实习的生活到这会儿基本上快到一半了。这周的日子显然要比上周轻松得多,但学到的东西也就少得多了。这周带我的研究生没有多少事情做,而我也就基本上闲着 了。干得就多的就是在NCBI上找了1200多个基因的conserved domains。。。找的什么东西都不知道,就完成了交了差。本来这活儿都是 带我的那个师姐做的,1600基因,但她一开始就分给我800个,我做完的时候,她才不到100。。。 过了两天发现她还是做是很慢,就想想算了,干脆帮 她做些吧,没想到这慢慢的,我又做了400多个
到最后完成的时候,她只做了不到400个,剩下的就都是我的了。唉。。。

可能我一开始就陷入了一个错误的想法。我刚到实验室的时候,就被分给了这个师姐,而其实这个师姐也是还没上研的本科毕业生,也是刚刚起步的阶段,很多东西都 做得不成熟,并且涉及的东西很有限。我到今天才发现自己不应该一门心思跟着她做实验。实验室里有很多的更有经验的师兄师姐,他们做得要成熟得多,并且涉及 的内容也多很多,我应该择优而学才对的。既然来到这里实习,就应该更多地接触一些东西,尤其是平时不容易接触到的东西,而不是要熟练一些实验过程和技术。 这些东西到以后自己做实验的时候,练一练自然就可以了,并且我现在做的分子生物学这边的实验,学校里也可以做,最多就是实验条件相对差一些而已。如果一味 地在这方面上下功夫,这宝贵的机会可能就被自己浪费了。

两三天的迷失方向后,我也许给自己的实习找到了一条正确的道路。